純水和超純水在使用過程中需要根據應用要求，控制各種來源的二次污染。二次污染在客觀上無法避免，但通過適當的手段可以得到有效控制。

二次污染主要來源于三個方面：空氣、容器和取水操作。

對于純水來說，由于多用于基礎試劑的配置、一般定量及定性分析、器皿清洗等基礎應用。因此在產水水質達標的前提下，無需嚴格控制環境。蕞可能導致水質下降的原因為儲水箱導致的污染。需要對儲水箱定期清洗或采用拋棄型技術的儲水容器（具體參見：實驗室水系統生物膜污染控制）

而對于超純水，由于經常應用于精密分析實驗，因此需要根據應用嚴格控制二次污染：

1，取水環境

取水應在盡可能潔凈的區域進行，以降低來源于空氣中的離子、有機物、微生物、顆粒物等污染。水機放置的位置應盡量避免在清洗間。如放置在綜合實驗室中，實驗室內的藥品儲存需要有藥品保存柜，如有內排或外排功能的更佳，否則將增加超純水TOC升高的可能性。

對于特定應用，如ICP-MS等痕量元素分析，推薦的取水區域應為潔凈區域，如超凈臺或層流罩內，以最大限度避免空氣中的元素污染。

2，取水容器

根據應用不同，使用不同材質的取水容器。無機分析應使用低溶出的塑料制品，以含氟塑料為佳，聚丙烯等材質也可。有機分析應使用玻璃容器。容器的選擇應遵循小口、帶蓋、體積合適（盡量減少頂部空氣量）原則。容器應充分清洗干凈，盛裝超純水前，應用合格的純水或超純水適當潤洗。

3，取水操作

取水時應使容器口盡量靠近取水口，在水機終端過濾器保護罩內取水為宜，以避免氣流導致的污染。應適當傾斜容器貼壁取水，減少氣泡的產生。在低溫下取水應調節至低流速，減少微小氣泡懸浮在水中。

對于關鍵應用，取水時應適當放出500ml以上超純水，以排出終端過濾器中的殘留水（此部分水不參與循環，有來源于空氣的逆向污染）。超痕量的有機分析應取下終端過濾器，用PVDF管路取水。取水操作后，蓋上終端過濾器的保護蓋。

另外，水機平日應保持通水通電，避免關機，以保證水循環。如需長期停機，純化元件需取出，用隨機的塞子封好接口，放置在4℃冰箱中保存，減少細菌滋生。水箱需完全排空。重新使用設備時應做全面的管路及水箱清洗。

為了保障設備正常運行，達到蕞佳純化效果，應按照實際使用情況及廠家建議更換耗材及維護設備。