氣相色譜儀和液相色譜儀基本原理是相同的，都是利用物質(zhì)在流動(dòng)相和固定相中的分配系數(shù)的差別，從而在兩相間反復(fù)多次（1000-1000000次，甚至更多）的分配，使原來分配系數(shù)差別很小的各組分分離開來。但有以下不同點(diǎn)：

一、流動(dòng)相不同：HPLC為液體流動(dòng)相，GC為永久性氣體作流動(dòng)相（通常叫做載氣）

二、進(jìn)樣器不同：高效液相為平頭進(jìn)樣針，氣相色譜為尖頭進(jìn)樣針

三、色譜柱長不同：

（1）氣相色譜柱通常幾米到幾十米（氣相色譜由于載氣的相對分析量較低，分子間隙大，故粘度低，流動(dòng)性好，組分在氣相中流動(dòng)速度快，因此可以增加柱長，以提高柱效）。

（2）液相色譜柱通常為幾十到幾百毫米之間。

四、分析種類有差異：

氣相色譜分析的對象多為（不是絕對）分子質(zhì)量小于1000，低沸點(diǎn)，易揮發(fā)，熱穩(wěn)定性好的化合物。

液相色譜：更適用于分析高沸點(diǎn)，難揮發(fā)，熱穩(wěn)定性差，分子質(zhì)量較大（1000 - -2000）的液體化合物。

五、樣品柱前變化不同：氣相色譜的樣品在柱前必須變?yōu)闅怏w（氣化室汽化），而液相色譜的樣品在柱前則無變化，為液體。

六、氣相和液相所用檢測器有差異：

液相色譜主要為：紫外檢測器、熒光檢測器、示差折光檢測器、二極管陣列檢測器.....

氣相色譜主要為：氫火焰離子化檢測器（FID）、熱導(dǎo)檢測器（TCD）、電子捕獲檢測器（ECD）、火焰光度檢測器（FPD）、氮磷檢測器（NPD）、氦離子檢測器.....