1、應用范圍不同

氣相色譜法適用于易揮發有機化合物的定性、定量分析。而氣質聯用色譜法在環保、醫藥、農藥和興奮劑等領域起著越來越重要的作用，是分離和檢測復雜化合物的最有力工具之一。

2、特點不同

氣-質聯用將GC與MS聯用，即氣-質聯用，彼此揚長避短，既彌補了GC只憑保留時間難以對復雜化合物中未知組分做出可靠的定性鑒定的缺點，又利用了鑒別能力很強且靈敏度極高的MS作為檢測器，憑借其高分辨能力、高靈敏度和分析過程簡便快速的特點。

氣相色譜法具有效能高、靈敏度高、選擇性強、分析速度快、應用廣泛、操作簡便等特點。

3、分析過程不同

氣相色譜法，汽化的試樣被載氣（流動相）帶入色譜柱中，柱中的固定相與試樣中各組份分子作用力不同，各組份從色譜柱中流出時間不同，組份彼此分離。采用適當的鑒別和記錄系統，制作標出各組份流出色譜柱的時間和濃度的色譜圖。

根據圖中表明的出峰時間和順序，可對化合物進行定性分析；根據峰的高低和面積大小，可對化合物進行定量分析。

氣-質聯用，混合物樣品經色譜柱分離后進入質譜儀離子源 ，在離子源被電離成離子，離子經質量分析器 、檢測器之后即成為質譜信號并輸入計算機。樣品由色譜柱不斷地流入離子源，離子由離子源不斷進入分析器并不斷得到質譜，只要設定好分析器掃描的質量范圍和掃描時間，計算機就可以采集到一個個質譜。

計算機可以自動將每個質譜的所有離子強度相加，顯示出總離子強度，總離子強度隨時間變化的曲線就是總離子色譜圖，總離子色譜圖的形狀和普通的色譜圖是相一致的，可以認為是用質譜作為檢測器得到的色譜圖。