氣相色譜儀的氣路系統，是一個載氣連續運行、管路密閉的系統。氣路系統的氣密性載氣流速的穩定性以及流量測量的準確性都對色譜實驗結果有影響需要注意控制。

氣相色譜中常用的載氣有氫氣、氮氣、氦氣、氬氣和空氣。這些氣體除氦氣、氬氣一般由高壓鋼瓶供給外，氫氣、氮氣、空氣可由氣體發生器供給，如氫氣發生器、氮氣發生器和空氣發生器。對于用氣量大的單位可由大容量發生器集中供給、通常都要經過凈化、穩壓和控制、測量流量。

氣相色譜分析檢測過程中，氣相色譜儀對所用的氣體純度有較高的要求為即達到工作要求又能延長儀器壽命所用氣體的純度，要達到或略高于儀器自身對氣體純度的要求否則若使用不符合要求的低純度氣體會造成一系列不良影響。

氣相色譜儀中使用的載氣要求純度較高，而且要求流速保持穩定，所以一般是用發生器或高壓鋼瓶。氣相色譜中常用的載氣主要有：氫氣、氮氣、氬氣和氦氣。  載氣鋼瓶的壓力在100～150公斤／厘米，純度為99.9—99.999之間。出于載氣中還合有一定量的雜質，所以在通入氣相色譜儀之前需要經過適當的凈化。

氣相色譜分析中究競選用那一種載氣，以及如何凈化？主要是看選用的檢測器、色譜柱及所要分析的對象和要求。例如。用氣相色譜儀氫火焰電離檢測器時，需要把載氣、燃氣（氫氣）、助燃氣（空氣）中的烴類組分除凈，而對極性氣體雜質要求就不那么嚴格。因為氫火焰離子檢測器對氣體幾乎沒有響應，換句話說載氣中少量的氣體雜質影響不大。

氣相色譜儀的熱導檢測器（TCD）選用氫氣或氦氣作載氣，分析靈敏度較高，因為它們熱導系數大予其它氣體。用氫作載氣價格低廉，但一定要注意安全。用氦作載氣比用氫氣安全，但其價格高昂。此外，也常用氬、氮作載氣。熱導池檢測器所用的載氣用一般凈化方法。載氣中的水分含量應該嚴格控制，因為載氣長時間進入色譜柱后，載氣中的水分被色譜柱吸附，就會影響到柱子的活性、使用壽命及分離效率。