我們就以未知化合物為例。

分離模式的選擇

我們先測試樣品的溶解性：如果在烷烴試劑中溶解性好，那么可首選正相模式開發方法，色譜柱主要以硅膠柱為主，流動相可以選擇正己烷-乙醇、二氯甲烷-甲醇；

如果在二氯甲烷或乙醇中溶解性好，那么可以選用正相模式，或者反相模式中的純有機模式，色譜柱可以用硅膠柱、C18或C8，反相的流動相可以用甲醇-乙腈、乙腈-二氯甲烷；

如果在水、甲醇或乙腈中溶解性好，那么可以選用反相模式、Hilic模式或離子交換模式，反相流動相可以用水-甲醇、水-乙腈，HILIC的流動相可以用乙腈-水，離子交換流動相可以用緩沖鹽濃度梯度洗脫、或pH的梯度洗脫。

反相流動相pH的選擇

如果是分析酸性化合物，我們選擇流動相的pH應低于其pKa至少2個pH單位；如果是分析堿性化合物，流動相的pH應高于其pKa至少2個pH單位。

檢測器的選擇

確定待測物結構上是否有紫外強吸收化學鍵（異戊二烯），可以用DAD檢測器看一下紫外吸收強度范圍，選取合適的分析波長；如果結構上沒有雙鍵，則不能用紫外檢測器，可以考慮示差折光檢測器（RI）；如果待測物沸點較高（大于400℃），則可以選擇蒸發光散射檢測器（ELSD）或電噴霧檢測器（CAD）；如果需要確定分子量，可以連接質譜檢測器。

流動相梯度或等度條件的確定

我們可以先跑一個大梯度，比如反相用水和乙腈流動相，可以用乙腈的比例從5%逐漸增至95%，根據出峰情況，再去優化放緩梯度。