來自于色譜系統的污染主要指，HPLC儀器系統中部件磨損而產生的固體顆粒，以及流動相系統過濾不完全殘留的固體顆粒。來自于樣品的污染主要指，未完全溶解的樣品或者已完全溶解的樣品進入色譜系統中，由于樣品溶劑和流動相溶劑對樣品溶解存在的溶解度差異，導致沉淀析出污染系統。特別是對于中藥、天然產物、合成中間體及生物藥品的檢測，因基質的復雜性，色譜柱受污染的情況會更加嚴重。污染會導致色譜系統壓力升高、色譜柱塌陷、填料變色等，從而帶來檢測成本高，測試結果不準確等各種影響。

保護柱是液相色譜分析中重要的色譜耗材，使用保護柱可大大降低分析柱受污染的程度，延長分析柱使用壽命。

保護柱位于進樣器與分析柱之間， 作用主要兩方面：

 1. 截留不溶性顆粒。

 2. 吸附樣品基質中的雜質。

 液相色譜柱以下幾種情況建議使用保護柱：

 1. 中藥、天然產物及合成中間體等基質較復雜的樣品分析——因溶解性差異導致樣品析出而污染分析柱的情況比較嚴重，梯度洗脫時影響更大。

2. 生物樣品分析——因樣品的不可逆吸附導致的污染，保護柱可先于分析柱承受這種污染，從而延長分析柱壽命。

保護柱很重要，但選擇合適的保護柱更重要，選擇或使用不當也可能帶來截然相反的效果。